Al analizar los poemas asignados en relación con la novela El Árbol de la ciencia, se puede observar que hay similitudes en los temas discutidos entre las dos obras. A lo largo de El Árbol de la ciencia, el desarrollo del personaje de Andrés está marcado por la tragedia y la tristeza, a pesar de los casos en que parece que Andrés se está volviendo más feliz y más contento con el mundo. Los mismos temas de tragedia y dolor se pueden observar en gran parte de las poemas que hemos leído, que se correlaciona con el tono de El Árbol de ciencia. En las obras de Concha Méndes, por ejemplo, se puede notar un cambio de tono distinto en sus poemas dependiendo del año, cambiando de ser pacífico y agradecido a abatido y triste. Su poema Verdes de 1930 describe una apreciación por la belleza de la naturaleza que existe alrededor de él, pero su tono cambia mucho en su poema Fue, que se escribió al principio de la guerra civil española. Él escribe, “Y vuelvo de la calle y entro en casa y el mundo sigue triste sin remedio. Y no es que falte un ángel en la estancia que nos sonría, que nos hable al menos,” reflejando un estado de tristeza que era común no solo entre los poetas de las generaciones 98 y 27, sino también que está presente en todo El Árbol de ciencia. Los temas de tristeza y dolor tienen sentido dado el contexto histórico que ocurría en España en ese epoca—España estaba en medio de dos guerras para cada generación de poetas, todos los cuales experimentaban fuertes sensaciones de pérdida.
