Durante la quinta parte de El árbol de la ciencia, la historia está colocada en el pueblo de Alcolea. Dentro de estas páginas, la tensión entre lo rural y urbanizado se pone más clara. Baroja describe Alcolea como un lugar estático sin progresión, avance ni crecimiento en las mentes y costumbres de la gente. Esta falta de cambio contemporáneo está encarnada en las estructuras y características fijas de la sociedad de Alcolea. Andrés narra que “El pueblo no tenía el menor sentido social…[los] hombres iban al trabajo y a veces al casino. Las mujeres no salían más que los domingos a misa” (203). En este sentido, Alcolea, como una sociedad aparentemente retrasada y estática, puede ser entendido como un microcosmo de la interpretación de Baroja de España durante el fin del siglo XX. Resultante de esta perspectiva de España, hay un pesimismo indudable que surge en la narrativa literaria; el pesimismo de una sociedad siempre absortado en lo tradicional y el pasado.
Como han dicho otros estudiantes, hay un énfasis en el pesimismo y la filosofía, especialmente la crisis existencial, por todas las partes que hemos leído. Estos dos conceptos están relacionados–el pesimismo empezando durante el fin del siglo XX influye la filosofía y psicología de la gente española. Por eso, una de las preguntas más importantes de la Generación ’98 que pertenece Baroja es ¿qué significa ser español? En un periodo inestable, podría ser fácil para perder un sentido y entendimiento fuerte del carácter nacional o cultural. Por ejemplo, en describiendo los otros viajeros con él, Hurtado afirma que los estereotipos y las generalizaciones de las poblaciones variadas por las regiones autónomas de España no eran verdaderas siempre (188). En vez, hay una lucha interna que experimenta el individuo que refleja la inquietad y caos del país entero.