Cuando hablamos de El árbol de la ciencia, no podemos evitar la conversación sobre la filosofía de Andrés y su lucha constante. Su inquisición filosófica empieza en parte 4 con su conversación con Iturrioz cuando lucha con la idea de la vida y que significa. Andrés últimamente decide que relata mucho con Schopenhauer, un filosofo muy pesimismo, una actitud que vimos mucho entre la novela. Pero, casi al final de la novela, Andrés habla con Iturrioz otra vez y el dice que “la naturaleza no sólo hacía el esclavo, sino que daba el espíritu de la esclavitud” (275). Esta relevación que Andrés tiene demuestra no solamente su actitud sobre sociedad, pero también la actitud de Baroja. Esta relevación, además de las otras, muestra la falta de dependencia en las ciencias y la racionalización de las cosas de la vida con las ciencias que España experiencia durante la final del siglo XIX; “a deeply philosophical and moving story which vividly sums up an entire age and crisis in the history of Western civilization: the collapse of confidence in scientific rationalism at the end of the nineteenth century” (McArthur, 1).
Andrés también tiene una conversación con Iturrioz sobre su casamiento con Lulú. Iturrioz dice a el que es una mala idea casarse con ella, pero, Andrés si hace y solamente dice que no quiere un hijo con ella. Últimamente, Andrés y Lulú tiene un hijo que desafortunadamente murió durante su nacimiento. Este evento causa el muerto de Lulú. Después de tanta mala fortuna, Andrés tiene solamente una opción para sobrevivir: deshumanización. McArthur dice que “Hurtado’s life…lead to his desire to dominate his existence through objectification, a process whereby the complexity of his humanity is diminished to a lesser status…” (1). En este caso, Andrés no realmente descubre una filosofía que funciona por él para entender lo que paso en la vida. Por eso, él no podría sobrevivir todo que pasa en su vida y por final él muere.