Durante nuestro estudio de El árbol de la ciencia, enfocamos mucho en dos temas: el pesimismo de Andrés y el machismo en la historia/los sentimientos sobre las mujeres. La primera parte del libro nos ofrece un personaje principal viviendo en un mundo miserable. Cuando avanza la historia, vemos que hay algunas escenas en que el nube negro alrededor de Andrés comienza a desaparecer. Estas escenas, como el de Andrés con Lulú, su marida nueva, viviendo en paz y esperando por el nacimiento de su primer niño juntos, burlan a los lectores a pensar en un cambio del pesimismo al optimismo en nuestro protagonista.
Este tema del pesimismo combina con aspectos de la mujer y la feminidad durante la narrativa. Andrés refiere al “presidio, la miseria, la prostitución” cuando habla sobre las mujeres de clase alta. Cómo escribió Hannah en su blog, Andrés también habla sobre Lulú como “una muchacha graciosa, pero no bonita,” quien falta los aspectos más importantes para una mujer: “la ingenuidad, la frescura, y la candidez.” Esta negatividad continua durante la historia y mezcla el pesimismo y la vista del mujer.
En una manera, sus palabras negativas sobre mujeres son un presagio de su soledad en el fin de la novela. Andrés no quiere la felicidad, y debido a su actitud siempre negativo, no está destinado a encontrarla. Su desarrollo, como escribe McGee en su blog, es engañoso, y por último, vive una vida inundado de dolor y sufrimiento. Por el fin, lo que trajo la felicidad era algo que también le atribuía negatividad durante la novela entera. Por eso, muere triste y solo, en la misma manera que insistió en que vivió.