Como establecida en el titulo del novelo, esta historia es menos sobre alguna acción singular y más sobre el proceso de decidir, y muchas veces resistir, un camino. Aunque el titulo lee “El árbol de ciencia,” lo es parte de una binaria con el árbol bíblico de vida. Ha estado muchos cuentos que eran influidas por la misma imaginería; pero lo que es especial sobre esta versión en particular es que usa la referencia al revés. En el cuento original, Adán y Eva se suponían solo comer del árbol de la vida. No se suponían ganar conocimiento de nada carnal o compleja. Esencialmente, ellos habían vivido en felicidad pura y ignorante, prosperando por su vida natural gobernado por dios y sus instintos primarios sobre comportamiento. Solo es cuando Eva come la fruta del árbol prohibida de ciencia que ella y Adán sufren. De eso, por la tradición misógina ellos caen de paraíso.
Con esta historia presente en las mentes de los españoles durante el siglo 20, Baroja ha construido un narrativo ambos muy similar y absolutamente contrario. Él contraste su tema central de lo intelecto contra la emoción por la alusión a la caída, pero en este case la caída es de lo intelecto por el deseo la vida, no de la vida pura por motivo de el intelecto. Aunque Andrés, y eventualmente Lulú también, están juntos por su amor compartida de subir de la emoción natural que gobierna otros, les habilitando a tener una vida maravillosa y contenta, ellos eventualmente pierden todo por el instinto de Lulú de querer un bebé. Sin capaz de resistir, ella se cumple a ser embarazada y por eso pierda las calidades que Andrés había querido tanto sobre ella. Por fin, el embarazo se mata no solo ella pero también Andrés por extensión. Lulú es la compañera especial de Andrés y ellos tienen todo pero su inhabilidad de quedar con los valores de ciencia es la causa de ruina. De eso, Baroja se queda con la tradición misogenia de echar la culpa a la mujer para los problemas en vida.
De una perspectiva amplificada del libro todo, este contrasto entre de emoción y intelecto está en enfatizada mucho más por la adherencia de otros partes del narrativo bíblico como la culpa de mujer. Si Tío Iturrioz es la figura de padre benevolente como otros han dicho, en esta comparación él se lleva una posición cuasi-dios. Él tiene un gran sabiduría que le da a Andrés, diciendo que un hombre no debe casarse pero si casarse, definitivamente no debe tener hijos, y especialmente no “si es usted un hombre impresionable, nerviosos, que siente demasiado el dolor” (279). Andrés rompe con el consejo, y por eso, sufre. Es esta consideración que abierta la posibilidad que Baroja no es tan machista, porque la demostración clara distribuya parte de la culpa a Andrés para elegir a ser con Lulú en el principio. La vida es sobre elecciones y cada una da paso a otros. En este manera, el libro es sobre la culminación de decisiones y la “luchar constante de pensar en las”, no solo un momento singular que define todo como la decisión de Lulú de tener un bebé (125).